В Институте микробиологии имеется единственная в Республике уникальная коллекция, насчитывающая около 3000 непатогенных штаммов микроорганизмов (бактерий, актиномицетов, микроскопических грибов, дрожжей и водорослей), включающая промышленноценные культуры.
Коллекция зарегистрирована во Всемирной Федерации Коллекций Культур. Коллекционный фонд сформирован за счет культур, выделенных из природных источников Узбекистана, полученных сотрудниками института методом селекции, а также штаммов микроорганизмов из других коллекций. Промышленноценные штаммы микроорганизмов могут быть использованы для получения ферментных препаратов; приготовления заквасок для силосования растительных субстратов, получения лечебно-профилактических препаратов, производства биопрепаратов против возбудителей болезней растений; бактериальных препаратов для деструкции токсичных органических веществ и биоремедиации природных и производственных сред.
