O‘zR FA Mikrobiologiya instituti respublikada yagona kolleksiyaga ega bo‘lib, unda 3000 ga yaqin patogen bo‘lmagan, sanoat uchun qimmatli kulturalarni o‘z ichiga oluvchi mikroorganizmlar shtammlari (bakteriyalar, aktinomitsetlar, mikroskopik zamburug‘lar, achitqilar va suv o‘tlari) mavjud.

Kolleksiya Butunjahon kulturalar kolleksiyasi federatsiyasida ro‘yxatdan o‘tgan. Uning fondi O‘zbekistonning tabiiy manbalaridan ajratilgan shtammlar, Institut xodimlari tomonidan seleksiya usullari bilan olingan shtammlar, shuningdek, boshqa kolleksiyalardagi mikroorganizm shtammlaridan shakllantirilgan. Mikroorganizmlarning sanoat uchun qimmatli shtammlari fermentli preparatlar olishda, kasalliklarning oldini oluvchi va davolovchi preparatlar tayyorlashda, o‘simlik substratlarini siloslash uchun achitqilar tayyorlashda, o‘simliklarda kasallik qo‘zg‘atuvchilarga qarshi biopreparatlar ishlab chiqarishda, toksik organik moddalarni parchalash va tabiiy hamda ishlab chiqarish muhitini bioremediatsiya qilish uchun bakterial preparatlar ishlab chiqarishda foydalanilish mumkin.