O'zR FA O'zbekiston tarixi davlat muzeyi O'zbekiston tarixshunosligining turli sohalarida ilmiy-tadqiqot ishlarini olib boradigan eng yirik muzeydir. 2018-yilda O‘zbekiston tarixi muzeyi Yaponiyaning Tokio universiteti muzeyi (Museum, Tokyo University) bilan 5 yillik davrga (2018-2022-yillar) tosh asrining arxeologik yodgorliklarini tadqiq etish sohasida hamkorlik qilish to'g'risida bitim imzoladi.

Hozirgi kunda ushbu ikki muzey hamkorligida O'zbekistonning janubidagi (Qashqadaryo viloyatining Yakkabog’ va Kitob tumani), shuningdek, Navoiy viloyatining Nurota tog'larida va Surxondaryo viloyatining Boysun tumanida qo'shma tadqiqotlar olib borilmoqda.